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1、運(yùn)行維護(hù)管理意識普遍缺失

目前，小型農(nóng)田水利工程建設(shè)基本上都是由國家政府補(bǔ)助形式所建立起來的。在工程項目建設(shè)過程，水利工程的立項、圖紙設(shè)計的科學(xué)性和施工質(zhì)量都得到了很好的控制。但當(dāng)項目建設(shè)完成后，政府部門對水利工程項目的監(jiān)督力度卻逐漸減小，這使得水利工程的后期維護(hù)管理工作很難得到有效保證。很多維護(hù)管理人員都不同程度存在著維護(hù)管理水平偏低、維護(hù)管理意識缺失的問題，以致于很多小型農(nóng)田水利工程項目的功能性逐漸降低，最終不得不停用或棄用。

2、運(yùn)行維護(hù)管理體制不夠完善

目前，負(fù)責(zé)小型農(nóng)田水利工程建設(shè)的部門是鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）級別的水利站，水利站作為農(nóng)田水利事業(yè)的基層組織，其不僅承擔(dān)著水利調(diào)控的職能，更承擔(dān)著水利農(nóng)田管理服務(wù)的任務(wù)。近年來，隨著用水需求的增大，小型農(nóng)田水利工程建筑逐漸增多，這使得鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）水利站原本就不多的工作人員，更是忙得不可開交。對于一些無法實現(xiàn)維護(hù)管理的小型農(nóng)田水利工程，鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）水利站只能委托村委會進(jìn)行代管。雖然村委會的管理人員雖然很想做好對水利工程的維護(hù)，但維護(hù)管理技術(shù)的缺失，使得他們很難真正的發(fā)揮出農(nóng)田水利工程管理者的作用，甚至有時候的工作會適得其反，使水利工程出現(xiàn)進(jìn)一步的損壞，這為農(nóng)田水利工程維護(hù)管理工作帶來了非常不利的影響。

3、運(yùn)行維護(hù)管理經(jīng)費(fèi)缺乏保障

在小型農(nóng)田水利工程建設(shè)過程中，雖然國家政府部門會進(jìn)行很大程度上的補(bǔ)助，但補(bǔ)助額度最高能夠達(dá)到70％左右，也就是說仍有30％的資金是需要民眾籌集而來。然而畢竟民眾的資金籌措力度有限，這就使得水利工程項目建筑很容易出現(xiàn)配套資金缺口。在這種情況下，水利工程項即使得到了有效建設(shè)，其配套的運(yùn)行維護(hù)管理資金也必然會存在不足，這就使得很多維護(hù)措施無法實施，進(jìn)而導(dǎo)致小型農(nóng)田水利工程出現(xiàn)運(yùn)行維護(hù)管理問題。