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在管理過程中存在的問題可以分為以下幾個方面：

1）資金不足，管理難度較大。農(nóng)田水利工程在建設(shè)過程中，其投入的資金大致分為兩個部分，一部分是來自國家補貼，另一部分則是有群眾以及鄉(xiāng)鎮(zhèn)等籌集而來，絕大多數(shù)都無法以現(xiàn)金的形式出現(xiàn)，并且在建設(shè)過程中，會計人員會根據(jù)材料和工人的薪資與投入的資金相互抵銷，這就導(dǎo)致水利工程因資金不足而無法全面的管理，水利工程也就無法提高其經(jīng)濟效益。

2）小型水利工程不如大型水利工程建設(shè)那般，可以很快見到社會經(jīng)濟效益與收益，因此在小型水利工程進行招投標(biāo)及竣工的過程中存在著較大的難度。農(nóng)田水利工程的建設(shè)資金是由國家補貼以及政府與群眾籌集而獲得的，在工程建設(shè)過程中，除開國家能夠保證資金到位之外，地方政府與群眾所籌集的資金一般很難到位，再加上其資金一般都是當(dāng)工程建設(shè)完畢之后采取抵銷的方式進行資金的投入，這就加大了工程在建設(shè)過程中的資金流通。此時往往因為資金的缺乏而無法購買較好的材料與設(shè)備，無法保證水利工程的施工質(zhì)量，不利于后期技術(shù)人員的管理。

3）農(nóng)田水利工程的施工階段降低了政府部門對其建設(shè)的監(jiān)管力度。在農(nóng)田水利工程建設(shè)過程中，我國水利部門的主要工作也就是采用當(dāng)前現(xiàn)行的相關(guān)法律制度以及相關(guān)建設(shè)標(biāo)準(zhǔn)來對其進行全面監(jiān)管，保證水利工程的施工質(zhì)量，加強水利工程的監(jiān)管工作。但是目前，很多水利部門直接參與到水利工程的建設(shè)當(dāng)中，而沒有充分發(fā)揮其監(jiān)管作用，最終無法有效的提高工程的施工質(zhì)量，降低了其使用價值。