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1、在設(shè)計(jì)方面問題：設(shè)計(jì)工作中存有偷工減料的行為。水利工程設(shè)計(jì)中，設(shè)計(jì)單位在整個設(shè)計(jì)階段中施工方案基本無比較，只要方案可行即可且技術(shù)經(jīng)濟(jì)觀念不強(qiáng)。

2、在施工方面問題：水利設(shè)施的壽命與工程的效益受水利工程施工質(zhì)量的直接影響。當(dāng)前，盡管水利工程施工管理水平有了長足進(jìn)步，但依然存在施工隊(duì)伍的質(zhì)量良莠不齊、質(zhì)量監(jiān)督制度不夠完善、建設(shè)單位管理體系不夠健全、施工管理中的不良風(fēng)氣等問題，嚴(yán)重影響了工程建設(shè)質(zhì)量。所以要采取切實(shí)有效的措施，提高施工管理水平與建設(shè)質(zhì)量。

3、管理機(jī)制不夠健全：小型水利工程的管理，由于歷史遺留體制的原因，本應(yīng)由鄉(xiāng)鎮(zhèn)或村一級負(fù)責(zé)，而當(dāng)前小型水利工程大多處于無人管理的狀態(tài)。一些效益好的部分工程由鄉(xiāng)、村一級承包給個人經(jīng)營，但是承包者只注重個人的收益，并未履行工程管理與維修的責(zé)任，鎮(zhèn)、村一級的管理層也未擔(dān)負(fù)起管護(hù)責(zé)任，因此導(dǎo)致工程老化與失修，綜合利用率較低。這種管理體制已制約著水利工程安全運(yùn)行與良性發(fā)展。

4、工程劃界不明確：長期以來，水利工程修建時很多是無償占有土地，因此工程管理范圍及保護(hù)范圍界限難以劃分，這就給管理工作帶來了很大困擾。

5、缺乏專業(yè)管理人員：由于小型水利工程的管理權(quán)限在鄉(xiāng)鎮(zhèn)或村一級，并沒有設(shè)置專職的水利專業(yè)管理人員，村級管理人員的文化水平不高，對水利工程的安全運(yùn)行管理規(guī)范不了解，導(dǎo)致工程超負(fù)荷或超標(biāo)準(zhǔn)運(yùn)行，從而使工程的使用壽命大大降低。

6、管理設(shè)施滯后：水庫大部分沒有大壩觀測以及雨與水情測報設(shè)施，汛期也只是僅僅依靠簡易的水尺了解水庫水位，尤其是石門水庫，沒有管理房與通訊設(shè)備，如果發(fā)生險情，運(yùn)行調(diào)度與防汛搶險就會非常困難。

7、管理經(jīng)費(fèi)的不足與缺乏．小型水利工程大部分是屬公益性工程，是無償為農(nóng)村的農(nóng)業(yè)生產(chǎn)提供的灌溉用水服務(wù)及不收取水費(fèi)的。政府部門沒有工程維修養(yǎng)護(hù)方面的投資，大部分水利工程因?yàn)椴‰U，難以發(fā)揮其應(yīng)有的作用。