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（1）節(jié)水灌溉技術(shù)與農(nóng)業(yè)生產(chǎn)體制不相適應(yīng)。目前我國(guó)農(nóng)村實(shí)行聯(lián)產(chǎn)家庭責(zé)任制，人均耕地不到0．15hm2。一個(gè)滴灌噴灌工程覆蓋的區(qū)域內(nèi)會(huì)包含有幾十戶住戶的承包責(zé)任地，每戶承包地的作物不太一致，所以需水要求也不同，這使得節(jié)水工程的運(yùn)行費(fèi)用和灌溉管理的分?jǐn)値?lái)阻礙。

（2）重視建設(shè)輕視管理的現(xiàn)象依然盛行。水利部門和地方政府在取得建設(shè)投資的時(shí)候很積極，設(shè)計(jì)工程施工時(shí)也很重視，但工程建成之后，輕視管理，造成專項(xiàng)運(yùn)行維護(hù)和管理人員資金不到賬，使得大部分工程無(wú)法達(dá)到其應(yīng)有的使用壽命，甚至工程成本都無(wú)法收回，效益難以在工程中充分的發(fā)揮。

（3）管理經(jīng)營(yíng)體制落后。有很多節(jié)水工程主要依托政府興建投資，建成以后政府參與管理。政府投入本應(yīng)該是好事，但是參加、包辦管理，讓工程管理陷入計(jì)劃經(jīng)濟(jì)舊模式，導(dǎo)致僵化的管理、貪污腐敗滋生。

（4）產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu)不及時(shí)調(diào)整。微灌和噴灌等節(jié)水工程具有灌水工效高和灌水質(zhì)量好的，因而需種植較高經(jīng)濟(jì)價(jià)值的作物。但是部分工程建成以后，沒有及時(shí)調(diào)整作物種植種類，難以發(fā)揮本來(lái)的經(jīng)濟(jì)效益。

（5）缺乏理論研究。西方發(fā)達(dá)國(guó)家和中國(guó)相比，國(guó)情特殊，因而不能照抄照搬他國(guó)的管理運(yùn)行模式。我國(guó)各地方經(jīng)濟(jì)發(fā)展水平、作物種類和水資源狀況不盡相同，灌溉節(jié)水工程管理不會(huì)有通用的標(biāo)準(zhǔn)。因而需考慮各地方灌溉管理的共性的地方，以及依據(jù)不同情形選擇不同的權(quán)變準(zhǔn)則。比如，不論在哪個(gè)地區(qū)，微灌或滴灌工程都規(guī)定土地采取適當(dāng)規(guī)模運(yùn)行模式，不管采取節(jié)水公司或節(jié)水合作社模式，都應(yīng)該依據(jù)準(zhǔn)則來(lái)選擇。當(dāng)前對(duì)于節(jié)水工程管理的理論研究還很匱乏，節(jié)水工程在操作程序和管理模式選取上還有著一定的盲目性。

（6）管理模式不規(guī)范。近年來(lái)，節(jié)水灌溉管理模式種類很多，細(xì)細(xì)考究，會(huì)發(fā)現(xiàn)這些管理模式在應(yīng)用上缺乏一定的規(guī)范，比如，有些灌溉節(jié)水項(xiàng)目政企不分，產(chǎn)權(quán)不明確，卻自動(dòng)劃入公司化的管理；有些灌溉節(jié)水公司制定了相當(dāng)規(guī)范的章程，但是實(shí)際營(yíng)運(yùn)操作中，并沒有按運(yùn)行規(guī)則進(jìn)行管理，沒有按要求進(jìn)行提取大修和折舊費(fèi)，這樣的話，經(jīng)過若干年的經(jīng)營(yíng)，一定會(huì)難以維持下去。