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1、地方財力不足

分稅制財政體制改革實施以來，地方財政實力雖然得到了逐年較大幅度的增長，但相對于不斷膨脹的剛性財政支出來說，仍然是入不敷出。每年新增長的財力除保工資、保運(yùn)轉(zhuǎn)、保穩(wěn)定、保重點(diǎn)支出外，所剩無幾。‘盡管中央和省級政府近年來加大了對縣鄉(xiāng)政府、尤其是經(jīng)濟(jì)欠發(fā)達(dá)地區(qū)縣鄉(xiāng)政府的財政轉(zhuǎn)移支付力度，但這些轉(zhuǎn)移支付絕大多數(shù)具有專項用途，并沒有明顯增加縣鄉(xiāng)政府可統(tǒng)籌安排使用的財力。

2、管理體制不順

目前我國農(nóng)村中小型水利工程管理沿用的基本上還是計劃經(jīng)濟(jì)體制下的管理體制，水利設(shè)施產(chǎn)權(quán)不明，水利工程管理體制不順，管理單位機(jī)制不活，水利工程運(yùn)行管理和維修養(yǎng)護(hù)經(jīng)費(fèi)不足，供水價格形成機(jī)制不合理，國有水利經(jīng)營性資產(chǎn)管理運(yùn)營體制還很不完善。同時，由于我國農(nóng)村水利建設(shè)長期以來一直靠政府號召、政策引導(dǎo)、行政力量組織的方式開展，缺乏相應(yīng)的法律規(guī)范，許多重大體制問題一直缺乏清晰的政策界線，如政府、農(nóng)民、社會力量三者之間的責(zé)、權(quán)、利關(guān)系；已建成工程設(shè)施的資產(chǎn)監(jiān)管和產(chǎn)權(quán)歸屬，公益性設(shè)施運(yùn)行損耗和政策性經(jīng)營虧損補(bǔ)償、工程的管護(hù)責(zé)任如何落實等等。這些問題不僅導(dǎo)致大量水利工程得不到正常的維修養(yǎng)護(hù)，效益嚴(yán)重衰減，而且最終影響到農(nóng)田水利在促進(jìn)農(nóng)業(yè)增效、農(nóng)民增收方面應(yīng)有作用的發(fā)揮。

3、監(jiān)管機(jī)制弱化

目前在我國對財政資金使用效益的績效評價機(jī)制雖已啟動，但還只是在探索運(yùn)行階段，對一些較大財政項目的績效評價工作尚不能全面深入地開展，就更談不到對眾多中小型農(nóng)田水利基本建設(shè)項目的績效評價了。由于缺乏績效評價機(jī)制，水利工程審報、批準(zhǔn)和承辦的單位或人員就少了一份壓力，干好干壞一個樣，效益好壞一個樣，這樣便導(dǎo)致了一些“人情項目”、“關(guān)系項目”的屢禁不止，也使一些“豆腐渣”工程的責(zé)任制造者逃脫了行政責(zé)任、以至法律責(zé)任的追究。