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1、提高水質方式不能起到清理河道的作用很多省份都采用引水的形式來替換城市河道中的水質，以求達到提高河道生態(tài)質量，但是這種方法只是能短暫的改變水流質量，卻不能提高中體水質。改善水質的目的在于擴大河道面積、流量、深度使河道周圍的生態(tài)環(huán)境受益。但是很多城市河道沿線卻缺少引流裝置，多用排放城市雨水和中水的形式，這使很多污水依舊通過城市排水系統(tǒng)匯集到河道中，另外不同水質相互摻雜，使水中的沉淀物加大，這使河道中的淤泥和雜物問題不能被解決。

2、生態(tài)治河觀的缺失傳統(tǒng)的河道在治理過程中采取機械清淤，清理形式只是局限在疏浚、引配水，這使河道的生態(tài)性得不到重視。市區(qū)內的河道規(guī)劃一般以平行的形態(tài)為基礎，并且根據(jù)河道的筆直平行性進行劃分這樣規(guī)劃雖然對城市規(guī)劃和美觀起到一定的作用，但是河道的線型比在生態(tài)自然性上存在很大的不足，河道護岸多以硬質駁坎，這種水體和邊坡土體不能相互溶解，回填土和自然土體在很大程度上難以完成土體凈化。這就使水生物缺少良好的生長環(huán)境。在治理過程中會因河道疏浚問題使生態(tài)環(huán)境發(fā)生改變，不能對淤泥污染做出處理。這樣就不能達到河道淤泥綜合治理的效果。常規(guī)的治理方式不能考慮到生態(tài)系統(tǒng)的因素環(huán)境，這就使河道的生態(tài)治理不能完全實現(xiàn)。

3、河道底泥治理達不到標準河道傳統(tǒng)的治理方式復雜多樣，一般涉及到綠化、駁岸、配水、截污、清淤等不同的形式，但在處理時沒有考慮到底泥和水體生物修復、河道生態(tài)系統(tǒng)等相關問題，河道底泥對上覆水體受到了很大的影響，底泥污染物問題沒有得到徹底地解決，這些使得河水中COD濃度在底泥污染物排出后嚴重超出了V類水標準。盡管清淤可以消除一定污染的底泥，但城市河道底泥往往受到條件的影響，難以達到完全清除的要求，這就使得清淤后的底泥又會成為新的污染源。僅僅采取截污、清淤、沖水是難以消除黑臭問題，由于河道生態(tài)系統(tǒng)功能難以發(fā)揮使得自身的自凈能力被削弱，無法從根本上解決黑臭問題。