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1、工程安全性和經(jīng)濟性原則

生態(tài)水利工程就是一方面遵循水利工程學原理，另一方面也遵循生態(tài)學原理。同樣，生態(tài)水利工程的設備也要依據(jù)水文學和工程力學的原理，保障工程建設的安全和穩(wěn)定性。河流泥沙飄移、淤積，河流侵蝕、沖刷等河流特征是基本的考慮要素，探尋河勢變化規(guī)律及時做出調整，確保河流修復工程平穩(wěn)持續(xù)進行。運用經(jīng)濟學原理分析，研究出成本最低而效益最大的實施方案。

2、河流形態(tài)的空間異質性原則

根據(jù)大量研究生物群落的數(shù)據(jù)信息，可以發(fā)現(xiàn)生物的多樣性與非生物空間異質性的關聯(lián)是正相關。從非生物環(huán)境的空間異質性到生物群落多樣性，我們可以推論出非生命與生命之間也具備一種相互依存的關系。一個地區(qū)具有很高的非生物環(huán)境空間異質性，表明這里衍生了很多小的生物環(huán)境。相反，若非生物環(huán)境簡單匱乏，生物群落分布較少，進而造成一定得生態(tài)系統(tǒng)的退化。

3、生態(tài)系統(tǒng)的自組織、自我恢復原則

生態(tài)系統(tǒng)的自組織功能，簡單講就是生態(tài)系統(tǒng)的可持續(xù)性。自組織的根本是自然選擇規(guī)律，在統(tǒng)一的自然環(huán)境下，如果自身條件優(yōu)越的物種，能夠承受住各種打擊，從而適者生存，不適者淘汰生物環(huán)境可以給一個具有一定數(shù)量的種群提供繁衍條件。在生態(tài)系統(tǒng)這種自設計、自組織功能的調配下，自然界可以淘汰劣勢物種，保留優(yōu)勢物種，形成合理的局面，從而完成生態(tài)設計。根據(jù)以往的生態(tài)水利工程資料總結，人類與自然可以各自貢獻一半力量。在利用自設計理論時，要充分重視鄉(xiāng)土物種。對于外來物種的引入，要慎重思考，杜絕生物入侵。

4、流域尺度及整體性原則

河流生態(tài)修復規(guī)劃應當建立在長期的時間尺度和整個河流尺度上，而不是建立在短期的時間尺度和某一段河流分布尺度上。河流生態(tài)修復規(guī)劃是指對在整個生態(tài)系統(tǒng)的大環(huán)境下，對依附于河流體系的生態(tài)系統(tǒng)進行修復、調整，而不僅僅是對某一物種、要素進行整治。水域生態(tài)系統(tǒng)整體是一個大系統(tǒng)，它又包含眾多子系統(tǒng)，比如生物系統(tǒng)、水文系統(tǒng)和工程設施系統(tǒng)等等。

5、反饋調整式設計原則

生態(tài)系統(tǒng)與社會系統(tǒng)一樣，每時每刻都是在變化的、動態(tài)的，隨時間與空間的交替而更改，因此具有不確定性。除了自然系統(tǒng)的作用力，人類系統(tǒng)的作用也很大程度上影響了生態(tài)系統(tǒng)的更新和調整。正是這個原因使得生態(tài)水利工程呈現(xiàn)出一種反饋調整式的設計模式。其過程包括設計、執(zhí)行、監(jiān)測、評估、反饋、調整，往復循環(huán)，確保準確性。監(jiān)測是反饋的基礎。我們監(jiān)測的主要對象是生物和水文，確保河流生態(tài)系統(tǒng)健康、穩(wěn)定地運行。