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水利工程會對陸生植物產(chǎn)生直接或間接的影響，直接影響是指建筑物直接破壞陸生動(dòng)植物的生活環(huán)境，一般多為永久性影響．間接影響主要是指土壤鹽堿化、沼澤化與氣候變化影響動(dòng)植物結(jié)構(gòu)與種類。

水利工程主要的作用對象為水體，因此對水生生物的生態(tài)系統(tǒng)影響更為明顯且直接。水位抬高會對水生生物產(chǎn)卵與生長所需的生長環(huán)境及相關(guān)的水溫條件產(chǎn)生破壞。此外，水庫侵沒區(qū)及淹沒區(qū)植被死亡與可溶鹽的增加對使氮磷含量增加，加上庫區(qū)附近草原、農(nóng)田中所富含的營養(yǎng)物質(zhì)隨著雨水徑流到水庫中，有利于水體富營養(yǎng)化。水利工程對魚類資源影響巨大，不僅會對魚類洄游的通道進(jìn)行阻隔．還會對魚類繁殖產(chǎn)生影響，水庫消落導(dǎo)致魚卵于庫岸暴露而死亡。