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水利工程興建會對水質(zhì)造成一定影響，水體輸送的距離過長或儲存的時間過久會充分形成復(fù)氧過程，這對環(huán)境容量具有豐富作用，另一方面，水體抬高會使水流變緩，污染物不易擴散。總的來說，建設(shè)水利工程對水質(zhì)影響分為正負方面。

正面影響：水體流速變緩．延長了滯留時間，有利于沉降懸浮物，降低水體色度與濁度。同時，流速緩慢有利于藻類活動，產(chǎn)生的MgCO與CaCO，沉淀能夠使水體硬度降低，減少水體毒性增加的可能。

負面影響：流速小同時也會使水氣界面的交換速率降低，減弱水體復(fù)氧能力及自凈能力。增大的透明度有利于藻類進行光合作用，大量的繁殖生長容易造成水體富營養(yǎng)化。而且植被淹沒會在消耗水中氧氣的同時釋放二氧化碳及沼氣，加劇溫室效應(yīng)，庫底沉積的懸浮物質(zhì)由于長期積累，其中的重金屬或有毒物質(zhì)造成污染。另外，河流生態(tài)及流水量的減少會加劇斷面萎縮，污水排放量增加，使農(nóng)業(yè)的排灌系統(tǒng)發(fā)生改變，惡化整個水環(huán)境的質(zhì)量。