工程總承包管理模式下的合同風險有：設(shè)計風險、施工風險、意外風險、物價風險、工程變更等。

1、設(shè)計風險

設(shè)計風險包括的內(nèi)容較廣，除合同規(guī)定的重大變更允許總價調(diào)整以外設(shè)計文件的錯漏、設(shè)計失誤與不周引起工程變更的風險均由總承包單位負擔，其中設(shè)計單位的資質(zhì)信譽、設(shè)計與施工的年限差距是影響設(shè)計風險的主要因素之一。

2、施工風險

在施工過程中，隱蔽工程（包括基礎(chǔ)工程、軟基處理等）是投資突破的主要項目；如設(shè)計與實際地形不符導致樁基變化、軟基處理設(shè)計的范圍、厚度不能滿足要求等情況；這些對于具有經(jīng)驗的承包人也是很難預(yù)料的。

3、意外風險

由總承包單位向保險公司購買工程一切保險、第三者責任險和其它應(yīng)買險種保單，以確保工程在遭受意外風險或其他人為責任事故時，能得到合理補償并免除承擔涉外賠償或其他責任。

4、物價風險

為了保證工程質(zhì)量，業(yè)主向總承包人供應(yīng)主要材料，如水泥、鋼筋、鋼絞線、瀝青等，物價上漲的風險會在我國建設(shè)市場宏觀調(diào)控的大形勢下逐漸減少。

5、工程變更

由于地方遠期發(fā)展的要求，地方政府會提出一些新暗的工程項目，或要求提高某單項工程標準，由此增加的費用將會按總承包合同條款的雙方約定分別承擔。