按保護類型可分為三類：

第一類是生態(tài)系統(tǒng)類，保護的是典型地帶的生態(tài)系統(tǒng)。例如廣東鼎湖山國家級自然保護區(qū)，保護對象為亞熱帶常綠闊葉林。甘肅連古城自然保護區(qū)，保護對象為沙生植物群落。吉林查干湖自然保護區(qū)，保護對象為湖泊生態(tài)系統(tǒng)。

第二類是野生生物類，保護的是珍稀的野生動植物。例如，黑龍江扎龍自然保護區(qū)，保護以丹頂鶴為主的珍貴水禽。福建文昌魚自然保護區(qū)，保護對象是文昌魚。廣西上岳自然保護區(qū)，保護對象是金花茶。

第三類是自然遺跡類，主要保護的是有科研、教育或旅游價值的化石和孢粉產(chǎn)地、火山口、巖溶地貌、地質(zhì)剖面等。例如，山東山旺自然保護區(qū)，保護對象是生物化石產(chǎn)地。湖南張家界森林公園，保護對象是砂巖峰林風(fēng)景區(qū)。黑龍江五大連池自然保護區(qū)，保護對象是火山地質(zhì)地貌。

按保護目的還可以分為：

1、以保護完整的綜合自然生態(tài)系統(tǒng)為目的的自然保護區(qū)。例如以保護溫帶山地生態(tài)系統(tǒng)及自然景觀為主的長白山自然保護區(qū)，以保護亞熱帶生態(tài)系統(tǒng)為主的武夷山自然保護區(qū)和保護熱帶自然生態(tài)系統(tǒng)的云南西雙版納自然保護區(qū)等。

2、以保護某些珍貴動物資源為主的自然保護區(qū)。如四川臥龍自然保護區(qū)和王朗自然保護區(qū)以保護大熊貓為主，黑龍江扎龍和吉林向海自然保護區(qū)以保護丹頂鶴為主。四川鐵布自然保護區(qū)以保護梅花鹿為主等。

3、以保護珍稀孑遺植物及特有植被類型為目的的自然保護區(qū)如廣西花坪自然保護區(qū)以保護銀杉和亞熱帶常綠闊葉林為主。黑龍江豐林自然保護區(qū)及涼水自然保護區(qū)以保護紅松林為主。福建萬木林自然保護區(qū)則主要保護亞熱帶常綠闊葉林等。

4、以保護自然風(fēng)景為主的自然保護區(qū)和國家公園。如四川九寨溝、縉云山自然保護區(qū)、江西廬山自然保護區(qū)、臺灣省的玉山國家公園等。

5、以保護特有的地質(zhì)剖面及特殊地貌類型為主的自然保護區(qū)。如以保護近期火山遺跡和自然景觀為主的黑龍江五大連池自然保護區(qū)。保護珍貴地質(zhì)剖面的天津薊縣地質(zhì)剖面自然保護區(qū)。保護重要化石產(chǎn)地的山東臨朐山旺萬卷生物化石保護區(qū)等。

6、以保護沿海自然環(huán)境及自然資源為主要目的的自然保護區(qū)。主要有臺灣省的淡水河口保護區(qū)，蘭陽、蘇花海岸等沿海保護區(qū)。海南省的東寨港保護區(qū)和清瀾港保護區(qū)（保護海涂上特有的紅樹林）等。

由于建立了一系列的自然保護區(qū)，中國的大熊貓、金絲猴、坡鹿、揚子鱷等一些珍貴野生動物已得到初步保護，有些種群并得以逐步發(fā)展。如安徽的揚子鱷保護區(qū)繁殖研究中心在研究揚子鱷的野外習(xí)性、人工飼養(yǎng)和人工孵化等方面取得了突破，使人工繁殖揚子鱷幾年內(nèi)發(fā)展到1600多只。又如曾經(jīng)一度從故鄉(xiāng)流失的珍奇動物麋鹿已重返故土，并在江蘇大豐縣和北京南苑等地建立了保護區(qū)，以便得到馴養(yǎng)和繁殖，大豐縣麋鹿保護區(qū)擁有的麋鹿群體居世界第三位。此外，在西雙版納自然保護區(qū)的原始林中，發(fā)現(xiàn)了原始的喜樹林。有些珍稀樹種和植物在不同的自然保護區(qū)中已得到繁殖和推廣。